黑龙江省第二医院南岗院区是隶属于黑龙江省第二医院的三级综合医疗机构，位于南岗区燎原街50号，医疗用房建筑面积11000平方米，开放床位245张，在岗职工300人。拥有呼吸内科、循环内科、神经内科、消化内科、普通外科、骨科、眼科、口腔科、中医科、妇科、体检中心等20多个临床医疗医技科室，配备有意大利百胜MYLab60、荷兰飞利浦HD11彩色超声诊断仪、飞利浦CS30便携式超声诊断仪、美国VIASYS NeuroCare有限公司Sonara/tek彩色经颅多普勒超声诊断仪、美国GE公司1.5T磁共振、日本东芝公司的DR、德国西门子公司的16层螺旋CT及日本津岛公司的数字化胃肠透视机、日本希森美康XS-500i全自动血液分析仪等大、中型医疗设备。

　　2014年南岗院区着力打造了特色消化治疗中心、重新规划建立了外科楼、扩大了外科的规模和容纳能力。在专科医院的基础上强化了综合医疗的发展力量。省二院南岗院区在医院整体发展战略的指引下，积极吸纳人才，增强技术力量、提高服务水平，用精湛医术、高尚医德、合理价格、温馨环境为患者提供全方位、多层次的医疗服务。目前南岗院区已形成了综合治疗新格局，特别是经整合后的消化治疗中心，拥有一支技术力量雄厚的内、外科专家队伍。